Genetische ‚üblichen verdächtigen‘ identifiziert, in der Forscher neue Liste

Es ist kein Geheimnis, dass unsere Gene sind das, was uns… uns! Aber die Gene sind oft auch die Grundlage für die schwächenden Krankheiten. Einer der wichtigsten Anhaltspunkte für ein besseres Verständnis jeder Krankheit ist zu sehen, welche Gene handeln, ungewöhnlich während der Erkrankung. Aber es ist oft nicht klar, ob ungewöhnliche Genaktivität ist einzigartig für die Krankheit bei der hand, oder ist Sie lediglich eine mehr Allgemeine symptom für eine ungesunde Körper. Nun, Wissenschaftler am Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL) haben in Handarbeit eine Rangliste der üblichen verdächtigen, die beweisen konnten, von unschätzbarem Wert für Forscher und Kliniker.

„Stell dir vor, ein Medium zu sein,“ fordert CSHL Bioinformatiker Jesse Gillis, wer arbeitete an der Studie. „Wenn Sie ein ‚cold reading‘ für ein Publikum, Sie sagen: „hat hier jemand den Namen Dave oder David‘ und so weiter, richtig? Sie stellen Vermutungen, dass sind sehr wahrscheinlich.“

In diesem moment, dass das Publikum keine Gedanken über die Popularität des namens David, machen es spannend, die Zuschauer Dave wurde ausgesondert.

Gillis und Postdoktorand Maggie Crow bemerkt, dass die Falle in diese Weise denken, kann problematisch sein für Studien zum Vergleich der gen-Aktivität der gesunden Zellen, die von Zellen, die in Krankheit—so genannte „differentielle expression.“

Sie dachte sich, dass wenn jemand vorhergesagt, die gen würde identifiziert werden, während eine Suche nach differentieller expression, das gen erscheinen mag, wird im Zusammenhang mit der Krankheit, aber nur, weil es ist verbunden mit fast jede Krankheit.

Das paar, zusammen mit Paul Pavlidis an der Universität von British Columbia, die eine computergestützte Analyse von 635 Datensätze über rund 27.000 Proben. Sie fanden heraus, dass Gene existieren, wie der name „Dave“: Sie sind so betroffen von einer Krankheit, die Ihr Erscheinungsbild ist nicht überraschend. Die Aufdeckung dieser Effekt ließ das team die Gene identifizieren, die likelier, einzigartig zu sein, an bestimmte Bedingungen.

Die Ergebnisse, die ausführlich in der Zeitschrift PNAS, „sollte keine große überraschung, aber deren Quantifizierung ist genau wertvolle,“ Gillis sagt. „Das Genie von Maggie, die dieser Arbeit war tunneling runter und sagen es sind biologische Prozesse, die in der Variabilität.“

Crow Punkte zu den Genen, die das Laufwerk Entzündung als ein Beispiel für diese biologischen Prozesse. Diese Gene sind bemerkenswert aktiv in der Krebs-Patienten, aber auch in anderen Bedingungen, wie Alzheimer. Diese Informationen, eingebettet in Gillis und Crow ‚ s-Liste, bietet Kontext für die Interpretation dieser Gene.

„Wir haben eine Rangliste und wir haben versucht, machen es extrem einfach zu verwenden und darauf aufbauen“, fügt Crow.